アプリを起動するiOSの機能（Universal Links）が正常に動作していないことが原因で発生した可能性があります。
以下の対応をお試しください。

【1】マイナポータル(アプリ)のインストールまたは、再インストールをする
再インストールする場合のアプリのアンインストール方法
　1.アンインストールしたいアプリのアイコンを長押しする
　2.表示されたメニューから「アプリを削除」→「アプリを削除」をタップして確認する

【2】デフォルトブラウザ設定をSafariに変更する
　1.「設定」を開いて「アプリ」をタップし、「Safari」をタップする。
　2.「デフォルトのブラウザApp」をタップし、「Safari」を選択する。

【3】"マイナポータル"アプリで開く
　1.ご利用のブラウザでマイナポータルのトップページにアクセスする
　2.ログインボタンをタップする
　3.画面上部に「"マイナポータル"アプリで開く」バナーが表示された場合、「開く」ボタンをタップする。

【4】Safariの「デスクトップ用Webサイトを表示」設定をリセットする
　1.iPhoneのホーム画面から「設定」をタップする。
　2.「アプリ」をタップする。
　3.「Safari」をタップする。
　4.「デスクトップ用Webサイトを表示」をタップする。
　5.「デスクトップ用Webサイトを表示」画面で「編集」をタップし、マイナポータルのドメイン「myna.go.jp」にチェックを付けて「削除」をタップする。
　※デスクトップ用Webサイトを表示の設定をオフにするだけでは解消されませんので、手順5のとおり完全に削除してください。
　※「編集」がタップできない場合は、「デスクトップ用Webサイトを表示」の設定をオフに設定ください。