マイナポータルとマイナ免許証の連携はマイナポータルで解除することができます。
解除方法については、下記操作マニュアルをご確認ください。

●操作マニュアル　04 連携したウェブサイトを解除する
https://img.myna.go.jp/manual/03-04/0071.html

なお、本籍のオンライン変更の申請を行い、手続きが完了する前にマイナポータルとマイナ免許証の連携を解除した場合、申請が失敗する可能性がありますので、ご注意ください。