削除できます。
別のスマートフォン（Android端末、iPhone）でご自身のiPhoneのマイナンバーカードを追加申請した実物のマイナンバーカードを使ってマイナポータルアプリのメニューから「別のスマホのスマホ用電子証明書」の「失効」、または「iPhoneのマイナンバーカード」の「別の端末のカードを削除」より、削除を行ってください。
削除方法については、下記の操作マニュアルおよびデジタル庁のホームページをご確認ください。

＜別のスマートフォンがAndroid端末の場合＞
●操作マニュアル　別のスマホの電子証明書の失効を行う
https://img.myna.go.jp/manual/04-02/0229.html

＜別のスマートフォンがiPhoneの場合＞
●デジタル庁 サービス紹介サイト：iPhoneを使って、別の端末のマイナンバーカードを削除する方法
https://services.digital.go.jp/mynumbercard-iphone/reset-from-other-devices/