亡くなった方のiPhoneのマイナンバーカードに関して、マイナポータルによる操作や手続き等の必要はありません。
亡くなった方の死亡届が自治体で受理されると、実物のマイナンバーカードは失効されるため、iPhoneのマイナンバーカードも自動的に削除されます。