「マイナンバーカードの電子証明書を更新してください」のメッセージは、ログイン時に使用しているマイナンバーカードの読み取り時点の利用者証明用電子証明書の有効期限情報を元に表示しています。
電子証明書の更新が完了し、有効期限が更新された新しいマイナンバーカードでマイナポータルにログインすると、このメッセージは表示されなくなります。