本人による申請の場合、iPhoneのマイナンバーカードを利用できます。

親権者など（法定代理人）が子など（委任者）のパスポート申請を代理で行う場合、親権者など（法定代理人）のマイナンバーカードの読み取りにはiPhoneのマイナンバーカードを利用できますが、子など（委任者）のマイナンバーカードの読み取りには、iPhoneのマイナンバーカードを利用できません。
子など（委任者）のマイナンバーカードの読み取りには、実物のマイナンバーカードが必要となりますので、お手元にご用意ください。