加入している保険者が変更になった場合であっても、医療費通知情報には以前加入していた保険者分も合算したうえで出力されます。
ただし、新たに加入した保険者での変更手続き結果が反映されるまでの期間は、医療費通知情報が取得できない可能性があります。
確定申告時期になっても反映されていない場合は、お手数ですが、お手元の領収書を基に集計いただき申告してください。