失効できます。
別のスマートフォンで自分のスマホ用電子証明書を発行したマイナンバーカードを使って、マイナポータルアプリのメニューから「別のスマホのスマホ用電子証明書」の「失効」より、失効申請を行ってください。
●操作マニュアル　別のスマホの電子証明書の失効を行う
https://img.myna.go.jp/manual/04-02/0229.html

 

なお、スマホ用電子証明書対応端末に限り、「メニュー」にスマホ用電子証明書の関連メニューが表示されます。
スマホ用電子証明書の対応機種は、下記のよくあるご質問をご確認ください。
●よくあるご質問　Q:スマホ用電子証明書に対応しているスマートフォンを教えてください。
https://faq.myna.go.jp/faq/show/7261?site_domain=default

 

「失効」ボタンなど、スマホ用電子証明書の関連メニューが表示されない場合は、スマホ用電子証明書の非対応端末となるため、失効申請はできません。
下記デジタル庁のHPにある「一時利用停止」のお手続きを行うことで、利用停止ができます。
●デジタル庁　スマホ用電子証明書の一時利用停止について
https://www.digital.go.jp/policies/mynumber/smartphone-certification/attention/