診療情報、薬剤情報、処方情報、調剤情報、院内処方情報には以下のような違いがあります。
診療情報
・診療・調剤報酬明細書の情報を基にしている
・患者が実際に受けた診療実績の情報（歯科含む）
・約1か月半前から最大5年前までの情報が取得できる
薬剤情報
・診療・調剤報酬明細書の情報を基にしている
・患者が実際に受け取ったお薬の情報
・約1か月半前から最大5年前までの情報が取得できる
・院内処方を含む
処方情報
・電子処方箋管理サービスに登録された情報を基にしている（電子処方箋管理サービスを導入した保険医療機関を利用した場合に限り取得が可能）
・医師が患者に対して交付する処方箋の情報
・処方行為が行われた直後から最大100日前までの情報が取得できる
・院内処方を含まない
調剤情報
・電子処方箋管理サービスに登録された情報を基にしている（電子処方箋管理サービスを導入した保険薬局を利用した場合に限り取得が可能）
・患者が実際に受け取ったお薬の情報
・調剤行為が行われた直後から最大100日前までの情報が取得できる
・院内処方を含まない
院内処方情報
・電子処方箋管理サービスに登録された情報を基にしている（電子処方箋管理サービスを導入した保険医療機関を利用し、当該医療機関が院内処方情報を登録した場合に限り取得が可能）
・院内処方として、患者に対して処方・調剤・投薬された時点におけるお薬の情報（なお、手術・検査・一時的な処置に用いられたお薬は登録されないこととなっているが、医療機関によって登録される場合もある）
・院内処方情報として登録された直後から最大100日前までの情報が取得できる
なお、医療保険情報取得APIで取得可能な薬剤情報として、「薬剤情報」「薬剤情報・処方情報・調剤情報」「診療情報・薬剤情報・処方情報・調剤情報」の3種類がありますが、「診療情報・薬剤情報・処方情報・調剤情報」のみ院内処方情報を含みます。
また、医療保険情報取得APIにおいては、院内処方情報は処方情報に組み込まれずに出力されます。（国民向けマイナポータルにおいては、院内処方情報は処方情報に組み込んで出力しています。）