下記1)~3)の手順で進めてください。
1)「取得したい証明書等の選択」画面にて「住宅ローン控除関係」を選択してください。

2)「証明書の準備状況」画面では、住宅ローンをご利用されている金融機関によって選択する項目が異なります。
ご利用の住宅ローンに応じて、取得設定を行ってください。

<住宅金融支援機構(フラット35)にて住宅ローンをご利用されている場合>
1.画像2の①「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」を選択します。
2.「e-私書箱と連携」画面にて、表示された2ステップを順番に完了させます。
3.画像2の①「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」のステータスが「未完了」から「準備完了」と表示されれば、
マイナポータルの操作は完了です。証明書が取得できる状態となります。
4.住宅金融支援機構以外の金融機関で住宅ローンをご利用されておらず、マイナポータルとe-Taxが未連携の場合、画像2の②「住宅借入金等特別控除証明書」は「未完了」のステータスが表示されたままとなりますが、そのままで問題ありません。
<住宅金融支援機構以外の金融機関にて住宅ローンをご利用されている場合>
1.画像2の②「住宅借入金等特別控除証明書」のステータスが「未完了」と表示されている場合、当該項目を選択します。
※ ステータスの表示がない場合は、既にe-Taxと連携済みのため操作不要です。
2.「e-Taxと連携」画面にて、e-Taxとの連携を行います。
※ 国税電子申告・納税システム(e-Tax)のステータスが「未完了」から「完了」と表示されたら、「次へ」を押下します。
3.画像2の②「住宅借入金等特別控除証明書」の「未完了」のステータスが消えると、マイナポータルの操作は完了です。
e-Taxで「住宅借入金等特別控除証明書」が発行されたら、証明書が取得できる状態となります。
※ 「準備完了」のステータスは表示されません。
4.住宅金融支援機構(フラット35)にて住宅ローンをご利用されていない場合、画像2の①「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」は「未完了」のステータスが表示されたままとなりますが、そのままで問題ありません。
3)各外部サイトにて証明書が発行されると、マイナポータル「お知らせ」に証明書(xml)ファイルが届きます。
証明書(xml)ファイルは、電子申請時の自動入力等を目的に読み込ませるための電子データです。
書面として直接確認できるものではありません。
証明書ファイルの内容を確認されたい場合、住宅ローンをご利用されている金融機関によって確認方法が異なりますので、 下記の手順で
ご確認ください。
<住宅金融支援機構(フラット35)にて住宅ローンをご利用されている場合>
マイナポータル「お知らせ」に届いた当該お知らせを押下し、e-私書箱の画面内に設定された「プレビュー」にて内容をご確認いただけます。
e-私書箱の画面にて証明書ファイルの内容を確認できない場合は、お知らせの差出人となる控除証明書等発行主体へお問い合わせください。
<住宅金融支援機構以外の金融機関にて住宅ローンをご利用されている場合>
マイナポータル「お知らせ」に届いたお知らせ詳細画面にある「関連ページ」のリンクをクリックし、「外部サイトとの連携」からe-Taxへログイン後、
e-Taxの画面からご確認ください。
住宅借入金等特別控除証明書の詳細については、下記e-TaxのHPをご確認ください。
●e-Tax 住宅借入金等特別控除に係る電子通知等について
https://www.e-tax.nta.go.jp/kakunin/jukarituuchi.htm
上記で確認できない場合やe-Taxに関するお問い合わせにつきましては、下記のよくあるご質問をご確認ください。
●よくあるご質問 Q:e-Taxの使い方(e-Taxの操作方法、確定申告、医療費控除の手続き等)について教えてください。
https://faq.myna.go.jp/faq/show/3697?site_domain=default
以上で、住宅ローン控除の証明書取得の事前設定は完了です。