マイナポータルの確定申告事前準備ページに表示されていないふるさと納税の発行サイトで寄附を行った場合、自治体マイページを使って直接寄付した自治体から証明書を取得できる場合がございます。
自治体マイページを利用する場合は、寄附先の自治体が自治体マイページに対応している必要があります。
対応自治体については下記にてご確認ください。

●民間送達・e-Tax連携サービス 対応自治体一覧
https://www.workthy.jp/e-tax-service/join-list.html

寄付先の自治体が自治体マイページに対応している場合は、自治体マイページにチェックをつけてください。