できません。
スマホ用電子証明書搭載サービスの一時利用停止は、24時間365日、マイナンバーカードの一時停止を受け付ける「マイナンバー総合フリーダイヤル（0120-95-0178）」に連絡してください。

マイナンバー総合フリーダイヤル
TEL：0120-95-0178
https://www.digital.go.jp/policies/posts/mynumber_contact

音声ガイダンスに従って、2番：マイナンバーカード及び電子証明書を搭載したスマートフォンの紛失・盗難を選択してください。

なお、スマホ用電子証明書搭載サービスの一時利用停止を解除する場合は、マイナポータルアプリのメニューで「一時利用停止の解除」から手続を行ってください。ただし、「一時利用停止の解除」の手続きを行う場合は、マイナンバーカード用電子証明書が必要となります。