スマホ用電子証明書には対応していません。
スマホ用電子証明書を用いてマイナポータルへログインされた場合は、マイナンバーカードを用いたログイン方法にて再度ログインし、氏名の振り仮名の届出を行ってください。

iPhoneのマイナンバーカードには対応しています。
iPhoneのマイナンバーカードを用いてマイナポータルへログインし、氏名の振り仮名の届出を行うことが可能です。