本籍地の市区町村に取り下げた届出が届く前に、既存の届出が受理された可能性があります。
恐れ入りますが、本籍地の市区町村の戸籍担当へお問い合わせください。

なお、お問い合わせの際は、「氏名の振り仮名の届出」画面の届出状況に表示の「届出先からの連絡履歴」に記載のあるお問い合わせ番号をお伝えください。
お問い合わせ番号については、下記のよくあるご質問をご確認ください。
●よくあるご質問　Q:氏の振り仮名の届出（もしくは名の振り仮名の届出）の「届出先からの連絡内容」にある「問い合わせ番号」とは何ですか。
https://faq.myna.go.jp/faq/show/11633?site_domain=default