市区町村の窓口で行う手続きはありません。
マイナンバーカード用電子証明書の更新手続が完了した後、その翌日以降にそのマイナンバーカードを用いて、マイナポータルアプリでiPhoneのマイナンバーカードの利用再開の手続を行ってください。

利用再開の手続きについては、下記デジタル庁のホームページをご確認ください。

●デジタル庁 サービス紹介サイト：iPhoneのマイナンバーカードの利用を再開する方法
https://services.digital.go.jp/mynumbercard-iphone/resume/