民間送達・e-Tax連携サービスを使って確定申告を完了した場合、寄附金受領証明書の電子データが添付されますので紙の寄附金控除証明書の保管は不要です。
（5年間の保管義務もありませんので、税務署から後日提出を求めらえることはありません。）