マイナポータルアプリからスマホ用電子証明書の失効申請を行ってください。
失効申請中に、失効したスマホ用電子証明書を登録していたスマートフォンが失効時に下記の状態になっていれば、スマホ用電子証明書が削除されます。
・インターネット通信に接続
・電源が入っている。
・スマートフォンの画面がオンになっている
・省電力モードになっていない
・出荷時リセットされていない