マイナンバーカードの電子証明書の更新や再発行などの各種手続きを市区町村の窓口にて行った場合、しばらくの間、控除証明書を取得できなくなる場合がございます。
各種手続きを行った後、控除証明書を取得できるようになるまでの時間は、以下のFAQに記載の表をご参考ください。
https://faq.myna.go.jp/faq/show/2606?site_domain=default