スマホ用電子証明書は、スマートフォン上のマイナポータルアプリ以外のアプリから読み取られることはありません。他のアプリからの不正なアクセスを防ぐため、以下のような対策を行っています。
・スマホ用電子証明書は、スマートフォンのGP-SE（GlobalPlatform準拠のSecure Element）という安全な場所に格納しています。
・GP-SEは、セキュリティ機能を有したICチップのことで、GP-SEに格納しているスマホ用電子証明書にはマイナポータルアプリからしかアクセスできないようになっています。
・マイナポータルアプリは、十分なセキュリティ対策の取られたサイト・アプリからのアクセスしか受け付けていません。