以下の手順で、「確定申告の事前準備」に表示される証明書を削除いただけます。

1. 下記のリンク先より「確定申告の事前準備」画面を表示する
https://myna.go.jp/svc/tax-return
※ログイン前の場合には、「ログインしてはじめる」を押下し、ログインしてからご利用ください。
2. 「確定申告の事前準備」画面の「証明書等を取得」を押下する
3. 「証明書等の取得」画面の「証明書等を選択する」を押下する

4. 「証明書等の選択」にて、削除したい証明書等を選択する

【参考】確定申告の事前準備ページについては、下記のマニュアルをご確認ください。
●確定申告の事前準備
https://img.myna.go.jp/manual/03-04/0186.html