マイナポータルトップページの「その他のわたしの情報」から、「戸籍関係情報」を取得してください。
「戸籍関係情報」の本籍コードをご確認の上、下記総務省HPの「都道府県コード及び市区町村コード」と照らし合わせ、「都道府県コード及び市区町村コード」に記載されている団体コードの先頭5桁と本籍コードが一致する自治体が、本籍地市区町村となります。
●総務省HP　全国地方公共団体コード
https://www.soumu.go.jp/denshijiti/code.html