本籍地の市区町村にて既に受理された氏名フリガナの変更はマイナポータルで行うことができません。

本籍地の市区町村にて受理された氏や名のフリガナを変更する場合は、家庭裁判所の許可を受け、本籍地の市区町村もしくは住所地の市区町村の窓口へ、書面による提出か郵送で届出を行う必要があります。
詳細は、下記法務省サイトでご確認ください。
●法務省　よくあるご質問
https://www.moj.go.jp/MINJI/furigana/faq.html#q12